• Chi phí cho nhân lực và mất nhiều thời gian của các bộ phận cán bộ tổ đến kế toán lương
• Dễ gây nhầm lẫn trong quá tính toán
• Khó để thực hiện đồng bộ với các khối chức năng khác như với bộ phận sản xuất, bộ phận kỹ thuật
• Đặc điểm của kế toán lượng  trong ngành nói chung và trong công ty nói riêng là rất tỷ mỉ và phức tạp
• Khó khăn trong việc kiểm soát xuất nhập
• Có ảnh hưởng đến các bộ phận liên quan khác